琉球群岛的南部诸岛如宫古岛、八重山，则归清政府管辖。作为交换条件，大清应修改日清通商条约，允日享有最惠国待遇，禁绝贸易歧视。
就在清政府准备与扶桑就此签订条约时，琉球王国代表林世功在总理衙门前伏地跪求，再三诉愿不愿割让领土，“两分方案”与亡国无异，此议万不可接受。
然而，清政府已经承认了“两分方案”，并与日方约定三个月内签署。
可怜弱国是没有话语权的，眼看这个将使琉球亡国的条约即将签订，林世功决定以死来阻止。他向清廷呈上奏折，随后留下绝命诗二首，在北平总理衙门前挥剑自杀。
林世功的自杀极大震撼了清政府，慈禧太后认为林世功是个大大的忠臣，赠白银200两，下旨厚葬。
林世功的绝命诗曰：
古来忠孝几人全，忧国思家已五年。
一死犹期存社稷，高堂专赖弟兄贤。
受自杀事件影响，清政府最终决定不签署“两分方案”，扶桑国方面认为清政府言而无信，公然背弃承诺，宍户玑愤而归国。扶桑开始在琉球问题上采取强硬立场。
此后，大量不满扶桑统治的琉球人选择流亡清朝，被称作“脱清人”。他们在华积极活动，希望能够让琉球问题有所回转。
他们认为，琉球与其被扶桑吞并，不如内附华夏。
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